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biostar handbook(七)| BLAST
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更
8年前
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这或许是我写的最全的BLAST教程
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更
8年前
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基因功能注释
基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测,根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种: Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更
7年前
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如何对基因组序列进行注释
基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更
7年前
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕
徐洲更
7年前
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ORA-03135: connection lost contact的解决方法
现象: 自从搭建了remote standby之后,每天都会收到primary的alert.log的报警邮件 ,内容是ORA-03135: connection lost contact.查看了错误发生的时间,在夜间两点.其余时间没有这个错误信息.以下分别是
苍雪明南
8年前
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RNA-seq常用命令(无参)
0.前期准备 先在工作目录下创建以下几个目录: 01.raw_data #用于存放原始数据 02.fastq #用于存放fastq格式数据 03.fastqc #用于存放QC结果 04.trinity_result #用于存放trinity结果 数据处理的顺
卖萌哥、
7年前
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MySQL 8.0.2复制新特性抢鲜看
MySQL 8 正在变得原来越好,而且这也在我们MySQL复制研发团队引起了一阵热潮。我们一直致力于全面提升MySQL复制,通过引入新的和一些有趣的功能。此外,我们还听取了社区的建议和反馈。因此,我们很荣幸能够与你一同见证最新版本(MySQL 8.0.2)的
技术小能手
8年前
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