raw data测序数据库

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纯二代测序从头组装基因组

基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长
徐洲更 6年前 2729

使用Falcon对三代测序进行基因组组装

Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。Falcon分为三个部分： HGAP：PacBio最先开发的工具，用于组装细菌基因组，名字缩写自Hierarchical genome-assembly process(层次基因组
徐洲更 6年前 1854

ATAC-Seq 数据分析（上）

背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。 包装分为多个水平，核小体核心颗粒(
徐洲更 7年前 1225

使用stack分析RAD-seq

一次简化基因组数据分析实战 尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究无参考物种比较常用的方法。Stacks就是目前比较通用的分析流程，能用来构建遗传图谱
徐洲更 6年前 1639

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备 先在工作目录下创建以下几个目录： 01.raw_data #用于存放原始数据 02.fastq #用于存放fastq格式数据 03.fastqc #用于存放QC结果 04.trinity_result #用于存放trinity结果 数据处理的顺
卖萌哥、 6年前 1366

转录组入门（3）：质量控制

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！ 作业，理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面。 数据解压 之前下载
徐洲更 7年前 1296

差异分析①

加载数据 setwd("D:\\diff") # Reading in count data files <- c("GSM1545535_10_6_5_11.txt", "GSM1545536_9_6_5_11.txt", "GSM1545538_pure
夜神moon 6年前 1006

基因表达分析（上）

基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： Gene expression is the process by which information from a gene is used in the synthesis of a functio
徐洲更 7年前 1071

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