blast 数据库构建

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blast 数据库构建 相关的博客

biostar handbook(七)| BLAST

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 6年前 1036

这或许是我写的最全的BLAST教程

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 6年前 1822

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

《Clojure数据分析秘笈》——2.11节解析自定义数据格式

本节书摘来自华章社区《Clojure数据分析秘笈》一书中的第2章，第2.11节解析自定义数据格式，作者（美）Eric Rochester，更多章节内容可以访问云栖社区“华章社区”公众号查看 2.11　解析自定义数据格式 如果你处理的数据足够长，你最终会遇到没
华章计算机 7年前 972

使用二代测序寻找T-DNA插入

本文接着每日文献：2018-02-27，上文探讨方法，本文是具体代码 为了解基因组存在T-DNA插入时，即基因组构成为AC而样本基因组为ABC的情况得到的测序结果在序列比对的时候的可能情况，因此需要先要使用模拟数据进行探索。 第一步：构建参考序列和实际序列。
徐洲更 6年前 1893

应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明

如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999年后，越来越多的物种全基因组出现，比如说在1999年出现了
徐洲更 6年前 941

纯二代测序从头组装基因组

基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长
徐洲更 6年前 2729

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