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biostar handbook(七)| BLAST

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 6年前 1036

这或许是我写的最全的BLAST教程

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徐洲更 6年前 1822

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

《Clojure数据分析秘笈》——2.11节解析自定义数据格式

本节书摘来自华章社区《Clojure数据分析秘笈》一书中的第2章，第2.11节解析自定义数据格式，作者（美）Eric Rochester，更多章节内容可以访问云栖社区“华章社区”公众号查看 2.11　解析自定义数据格式 如果你处理的数据足够长，你最终会遇到没
华章计算机 7年前 972

解密阿里云高效病原体基因检测工具

![5_6_3](https://yqfile.alicdn.com/b5d02cbd3d11b339b0eb566e8fc102f9fe6e1dd8.gif) 1.背景介绍 病原体基因检测，为各种严重感染的诊断提供了基础。病原体检测流程分成五个步骤：（1）
skin778 4年前 608

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备 先在工作目录下创建以下几个目录： 01.raw_data #用于存放原始数据 02.fastq #用于存放fastq格式数据 03.fastqc #用于存放QC结果 04.trinity_result #用于存放trinity结果 数据处理的顺
卖萌哥、 6年前 1366

纯二代测序从头组装基因组

基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长
徐洲更 6年前 2729

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