GATK 云服务器 v1.0 Ubuntu 22.04 64 bit GATK（Genome Analysis Toolkit）是一款由Broad Institute开发的开源基因组分析软件工具包，专门设计用于处理大规模高通量测序数据。HPDA-Spark 容器 Mracc-Native-V1.0 Alibaba Cloud Linux 3 ...
GTX-FPGA 介绍 GTX-FPGA产品是由 未来实验室 GTX-Laboratory 开发的全基因组分析加速工具，采用CPU和FPGA协同工作的异构加速技术，利用各自的特性进行基因数据的高性能计算。可以将30X的全基因组数据分析时间从30小时缩短至30分钟；将100X...
通过分布式计算和GPU加速，显著提升大规模基因组数据分析效率，适用于基因筛选、疾病预测等场景，助力生命科学研究和精准医疗发展。背景 生命科学方兴未艾，从食品工业中的细菌培养鉴定到癌症快速诊断，基于DNA分析的应用不断出现。然而，...
BatchCompute 广泛应用于电影动画渲染、生物数据分析、多媒体转码、金融保险分析等领域。典型案例 电影动画渲染 阿里云渲染云解决方案基于 BatchCompute 搭建。...生物数据分析 生物基因企业利用 BatchCompute 完成大规模基因组测序分析。
本文介绍了阿里云基因分析平台集成的第三方软件（Sentieon）的使用方法。关于Sentioen Sentieon® 成立于2014年，拥有算法、软件和系统调优的专业团队，开发了众多高度优化生物信息分析应用，获得precisionFDA组织的挑战赛的冠军，并在...
pages 1188–1196.[5]人类基因组hg38,https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.chromFa.tar.gz . [7]Julia Piantadosi,Phil Howlett and John Boland.(2007)."Matching the grade correlation coefficient using a ...
GATK（The Genome Analysis Toolkit）是一款二代重测序数据分析软件，是基因分析的工具集。主要用于去除重复序列、重新校正碱基质量值、变异检查等。Samtools是用于处理sam和bam格式的工具软件，能够查看二进制文件、转换文件格式、对文件...
本文介绍如何使用平台公共应用进行基因数据分析。基因分析平台的 应用仓库 提供了不同研究领域和分类的公共应用，这些都是权威的、经过验证的行业最佳实践，并且提供了常见的运行参数，真正的帮助用户实现开箱即用的基因数据分析。浏览公共...
生命科学 生物信息学：使用E-HPC对大量生物基因组进行测序等处理，从而获取基因组信息和数据分析结果，来解决生物和医学领域的难题。动力学模拟：使用E-HPC进行大规模的分子动力模拟，来预测分析生物蛋白质分子、脂质分子间的相互作用和...
ID DA980AD0-158F-44F3-847D-5EAB96C0EB6B DatasetDescription string 公共数据集描述 西蒙斯基因组多样性计划(Simons Genome Diversity Project,SGDP)是目前世界上最大、质量最高的人群多样性基因组数据。Copyright string 公共数据集版权...
本文介绍基因分析平台中工作空间的使用方法。基因分析平台中的所有操作，都必须在工作空间内进行。用户可以通过工作空间进行基因数据、分析应用和运行任务的管理，满足数据隔离、权限控制、费用统计等业务需求。创建工作空间 在工作空间...
WDL是国际基因组学联盟（GA4GH）支持的流程语言标准之一，能够同时提供完整的本地和云端执行解决方案，能够满足用户开发、测试和分析需求，是目前产品的首选项和长期支持计划。其他如CWL、Nextflow的支持在产品研发计划之中，欢迎联系反馈...
本文介绍基因分析平台中基因数据文件的使用方法，包括上传、下载、删除等操作。基因分析平台并不直接提供基因数据的存储功能，而是依赖于阿里云 对象存储OSS 来帮助用户管理自己的基因数据文件。在开通基因分析平台时，由用户授权给基因...
本文介绍基因分析平台产生欠费之后的服务状态和处理策略。如果您账户的可用额度（含阿里云账户余额、代金券、优惠券等）小于待结算的账单，即被判定为账户欠费。警告 当平台欠费后会影响正在执行的运行任务，系统会提醒或通知您，请及时...
Tags array 公共数据集标签列表 Tags string 标签 遗传多样性 DatasetName string 公共数据集名称 西蒙斯基因组多样性计划 DatasetDescription string 西蒙斯基因组多样性计划(Simons Genome Diversity Project,SGDP)是目前世界上最大、...
本文介绍了如何使用Visual Studio Code作为本地IDE，并安装WDL插件，来进行WDL流程的开发和测试，再发布到基因分析平台中。准备本地开发环境 访问 Visual Studio Code 官网，下载和安装完成后，再按照 WDL插件 到VSCode中，即可进行WDL流程...
操作 访问级别 资源类型 条件关键字 关联操作 easygene:GetPublicDatasetEntity get*全部资源*无 无 请求参数 名称 类型 必填 描述 示例值 DatasetName string 是 数据集名称 西蒙斯基因组多样性计划 EntityType string 是 实体类型 sample...
本文介绍如何通过产品控制台，在两分钟内快速完成一个基因分析任务，帮助用户熟悉基因平台基本操作。点击应用仓库中的 damo/dna-variant-calling 公共应用。点击“安装运行”，选择已创建的工作空间，如默认创建的“default-workspace”，...
阿里云基因分析平台（Genomics Computing Platform）的服务条款，请参见 阿里云产品服务协议。
操作 访问级别 资源类型 条件关键字 关联操作 easygene:ListPublicDatasetEntities get*全部资源*无 无 请求参数 名称 类型 必填 描述 示例值 DatasetName string 是 公共数据集名称 西蒙斯基因组多样性计划 OrderBy string 否 排序字段 ...
操作 访问级别 资源类型 条件关键字 关联操作 easygene:ListPublicDatasetEntityItems get*全部资源*无 无 请求参数 名称 类型 必填 描述 示例值 DatasetName string 是 数据集名称 西蒙斯基因组多样性计划 EntityType string 是 实体类型 ...
本文介绍基因分析平台支持的运行选项，以及对分析结果的影响。Call-Caching Call-Caching是指当用户在基因分析平台中计算作业，被检测到与之前的执行记录一致，可以直接使用之前的计算结果而无需重新计算，可以节省时间和费用。简单来说，...
背景信息 基因计算工作流 基因计算工作流是在基因组学研究中，为实现特定分析目标，将多个互相关联的计算任务和数据处理步骤有序组织成的执行流程。这些工作流通常涵盖数据预处理、序列比对、变异检测、基因表达分析和进化树构建等复杂步骤...
背景信息 基因计算工作流 基因计算工作流是在基因组学研究中，为实现特定分析目标，将多个互相关联的计算任务和数据处理步骤有序组织成的执行流程。这些工作流通常涵盖数据预处理、序列比对、变异检测、基因表达分析和进化树构建等复杂步骤...
结合阿里云海量的存储计算资源、连通测序上下游的用户网络、以及数据和应用的生态合作伙伴，基因分析平台广泛用于基因组学数据从样本到报告的分析全过程，可以作为不同应用系统计算底座，全方位满足基因组学科学研究和临床应用的需要。...
2024年10月 模块 功能项 子功能点 具体功能项说明 应用仓库 全基因组选择 damo/genomic-selection-dataset【新增】全基因组选择算法数据集构建 damo/genomic-selection-train【新增】全基因组选择算法模型训练 damo/genomic-selection-pred...
文件存储NAS具备高吞吐量、读写一致性及低延迟的文件操作能力，为基因分析的大规模数据提供了高性能的存储载体。本文列举了基因计算的最佳实践案例。基因行业容器存储解决方案 EHPC实现药物筛选解决方案最佳实践 基因计算工作流实战
本文介绍如何在基因分析平台中查看、停止和恢复运行任务。用户在基因分析平台中成功创建运行任务后，系统会自动进行解析和执行，直到完成或者失败。在此过程中，用户可以随时查看运行任务的执行进度，任务日志和性能监控等情况。查看运行...
用户可以在从头创建WDL应用，将本地或社区中的WDL应用迁移到基因分析平台中，并且为应用配置常用的分析运行参数。创建应用 提供应用基本信息 同一工作空间下的应用名称必须保持唯一，只能由数字、字母、下划线、连接符组成，长度不超过64个...
基因分析平台通过 基因实体表格 来管理基因数据文件，举例来说，某个生物样本（S001），其拥有多个属性值。FASTQ1单元格里的值，即为该样本存在对象存储OSS的原始序列文件。同时表格之间通过引用关系，来定义生物样本所从属的病人（NO...
本文介绍如何为应用创建模板，针对基因实体表格数据进行批量分析。阿里云基因分析平台设计批量模式，不借助编程方式，通过控制台页面帮助用户一次性配置和运行多样本的分析任务，其核心是应用的批量运行模板。在应用的输入输出中，使用 ...
例如，群组服务的创建可以满足下游群组分析应用的需求。前提条件 使用该功能需部署并开启租户的 标签平台群组圈选 功能。功能概述 您可根据业务需求创建所需的群组，群组管理的加工方式不同创建过程不同。描述说明如下：创建方式 描述 通过...
例如，群组服务的创建可以满足下游群组分析应用的需求。前提条件 使用该功能需部署并开启租户的 标签平台群组圈选 功能。更多信息，请参见 租户设置。功能概述 您可根据业务需求创建所需的群组，群组管理的加工方式不同创建过程不同。描述...
租户下各工作组数据互相隔离，同一个租户下可以新建多个工作组。...说明 工作组分析员可使用工作组内的数据进行数据分析等操作。在 成员管理 列表查看添加的成员信息。单击左侧导航栏中的 权限列表，查看所有角色的权限。
群组分析：通过某个特征（标签）创建不同版本的群组，对比各个群组的数据进行分析。更多信息，请参见 群组分析。⑤ 批量操作 加入申请篮：选中多个群组资产或本页全选后，单击 加入申请篮，将选中的资产加入申请篮。修改类目：选中多个群组...
群组分析：通过某个特征（标签）创建不同版本的群组，对比各个群组的数据进行分析。更多信息，请参见 群组分析。⑤ 批量操作 加入申请篮：选中多个群组资产或本页全选后，单击 加入申请篮，将选中的资产加入申请篮。修改类目：选中多个群组...
角色 包括工作组管理员、工作组开发者、工作组分析员、元数据读取、数据读取、数据变更。其中，元数据读取、数据读取和数据变更是专业模式下的角色。工作组管理员：工作组的管理者，拥有工作组内的所有权限。工作组开发者：拥有工作组内的...
假设用户有10个全基因组测序的样本数据需要分析，我们通过以下步骤详细介绍如何通过基因分析平台来“一键”高效简便的完成所有工作。创建工作空间，获取分析应用 创建batch-submit-demo工作空间，如已有可用工作空间也可忽略该步骤。在应用...
查询基因分析平台产品支持使用的区域，如华北2-北京。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。调试 授权信息 下表是API对应的授权信息，可以在RAM...
本文介绍基因分析平台的计费模式、计费项、关联的其他云产品费用。概述 基因分析平台是阿里云托管的，完全Serverless化的基因计算服务。无需提前创建和管理任何集群，所有资源完全弹性按需，支持从0到千万的任意样本规模，且只需要为实际...