从ncbi下载大数据

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biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更 7年前 1571

biostar handbook: 第三周笔记汇总+第四周任务布置

就目前来看，这一周主要以补交上次作业为主，所以上一周的总结增加了很多新内容。但是关于本体论和富集分析，大家还是有点小困难。当然我自己交东西也慢了很多，因为时间也总是不太够，完全靠周末挤出来。 第三周笔记汇总如下 Biostar学习笔记（3）Gene set
徐洲更 7年前 674

每日文献: 2018-01-12

生物数据中心的年报 每到年终大家都爱做总结,除了我在每日文献：2018-01-08提到的比对工具年鉴更新到了2017版,各大生物数据中心也开始纷纷做总结,然后发一篇核酸研究NAR. 这三篇文章的标题和地址如下 地点 数据库名 原文标题 原文链接 美国 NCB
徐洲更 6年前 910

寻找新冠致重症因素，如何通过云计算将分析时间缩短80%以上？

国内疫情稍有缓和，但公共科研机构与病毒间的战争从未停止。科研人员与医疗工作者们依然在日以继夜地研究着这名“对手”，追溯它从何而来、如何“作恶”，我们又能如何消灭它。科技早已作为科研人员的后盾，他们背后有无数的计算力在为分析病毒而跳动着。 在这些与病毒持续搏斗
阿里云弹性计算 4年前 379

生信数据分析中基本Unix命令的运用

内容写的特别的“简洁”，存在疑惑的部分，可以讨论 Unix基本命令能做的事 学习了cat, head, tail, less, more,cut,sort,wc,uniq等基本命令后，如何使用这些命令对生物信息数据做简单的分析呢。大致可以完成以下任务： 了解
徐洲更 7年前 848

转录组入门（2）：读文章拿到测序数据

本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 2
徐洲更 7年前 836

《利用Python进行数据分析·第2版》第14章 数据分析案例

第1章 准备工作第2章 Python语法基础，IPython和Jupyter第3章 Python的数据结构、函数和文件第4章 NumPy基础：数组和矢量计算第5章 pandas入门第6章 数据加载、存储与文件格式第7章 数据清洗和准备第8章 数据规整：聚合、
seancheney 6年前 1316

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

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