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基因功能注释
基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测,根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种: Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更
6年前
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文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)
材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 (HNSCC)从Cancer Genome Atlas下载(TCGA)数据库(https://gdc-portal.nci.nih.gov/)。根据口腔的解剖学定义,387个口腔样本(33
夜神moon
6年前
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如何对基因组序列进行注释
基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更
6年前
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用Bioconductor对基因组注释
这一次,我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释。 就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可能的突变位点,我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变,这些突变基因有哪些功能?
徐洲更
7年前
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一个用interproscan做基因注释的简易教程
官网地址: http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址: https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接:
卖萌哥、
6年前
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如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析
如何分析芯片数据 我最早接触的高通量数据就是RNA-seq,后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据,因此我从来没有分析过一次芯片数据,而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教,为了解决这
徐洲更
6年前
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