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用Bioconductor对基因组注释
这一次,我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释。 就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可能的突变位点,我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变,这些突变基因有哪些功能?
徐洲更
7年前
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Unsupervised clustering reveals new prostate cancer subtypes
摘要 背景:前列腺癌是男性中第二常见的癌症。发展基于基因的分类方法是迫切的要求。我们的目标是建立基因分型。 方法:我们使用了四个前列腺癌数据集。癌症基因组图谱(TCGA)RNA-Seq数据用于训练分类器。基于分类器的三个亚型被测试是否具有临床数据存在显着差异
夜神moon
6年前
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如何对基因组序列进行注释
基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更
6年前
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一文尝试解决水稻参考基因组下载
昨天发了如何一步下载水稻泛基因组的contig序列,就有小伙伴在后台问我如何下载水稻最新版日本晴参考基因组序列。由于我主要是研究拟南芥(Arabidopsis thaliana), 默认都是去TAIR上下载TAIR10的参考序列和注释信息,对水稻其实没有多大
徐洲更
6年前
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一个用interproscan做基因注释的简易教程
官网地址: http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址: https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接:
卖萌哥、
6年前
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