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Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库
Introduction to Protein Databases 蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释,如功能描述,功能与结构,翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索,分类分析和文献引用等。 已知给定一个uniprot id,可以通过链接"htt
徐洲更
7年前
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基因功能注释
基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测,根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种: Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更
7年前
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biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作
2017/11/9 第一版: 生物数据库,基本数据类型(genbank, fasta/fastq),数据上传站点 2017/11/12 第二版:如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更
8年前
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每日文献: 2018-01-12
生物数据中心的年报 每到年终大家都爱做总结,除了我在每日文献:2018-01-08提到的比对工具年鉴更新到了2017版,各大生物数据中心也开始纷纷做总结,然后发一篇核酸研究NAR. 这三篇文章的标题和地址如下 地点 数据库名 原文标题 原文链接 美国 NCB
徐洲更
7年前
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biostar handbook: 第三周笔记汇总+第四周任务布置
就目前来看,这一周主要以补交上次作业为主,所以上一周的总结增加了很多新内容。但是关于本体论和富集分析,大家还是有点小困难。当然我自己交东西也慢了很多,因为时间也总是不太够,完全靠周末挤出来。 第三周笔记汇总如下 Biostar学习笔记(3)Gene set
徐洲更
8年前
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biostar handbook(七)| BLAST
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更
8年前
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每日文献: 2018-01-14
原文标题:The 2018 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection 原文地址: https://www.ncbi.n
徐洲更
7年前
705
这或许是我写的最全的BLAST教程
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更
8年前
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