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Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库

Introduction to Protein Databases 蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。 已知给定一个uniprot id,可以通过链接"htt
徐洲更 6年前 1175

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更 7年前 1571

biostar handbook: 第三周笔记汇总+第四周任务布置

就目前来看，这一周主要以补交上次作业为主，所以上一周的总结增加了很多新内容。但是关于本体论和富集分析，大家还是有点小困难。当然我自己交东西也慢了很多，因为时间也总是不太够，完全靠周末挤出来。 第三周笔记汇总如下 Biostar学习笔记（3）Gene set
徐洲更 7年前 674

文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 （HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/）。根据口腔的解剖学定义，387个口腔样本（33
夜神moon 6年前 1294

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？
徐洲更 7年前 963

《Clojure数据分析秘笈》——2.11节解析自定义数据格式

本节书摘来自华章社区《Clojure数据分析秘笈》一书中的第2章，第2.11节解析自定义数据格式，作者（美）Eric Rochester，更多章节内容可以访问云栖社区“华章社区”公众号查看 2.11　解析自定义数据格式 如果你处理的数据足够长，你最终会遇到没
华章计算机 7年前 972

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