ncbi下载蛋白数据库

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基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 8年前 1238

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更 8年前 1571

biostar handbook(七)| BLAST

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 8年前 1036

这或许是我写的最全的BLAST教程

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 8年前 1822

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 7年前 4101

文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 （HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/）。根据口腔的解剖学定义，387个口腔样本（33
夜神moon 7年前 1294

ATAC-Seq 数据分析（上）

背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。 包装分为多个水平，核小体核心颗粒(
徐洲更 8年前 1225

[python爬虫] Selenium定向爬取PubMed生物医学摘要信息

        本文主要是自己的在线代码笔记。在生物医学本体Ontology构建过程中，我使用Selenium定向爬取生物医学PubMed数据库的内容。         PubMed是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源为M
小珞珞 10年前 5743

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