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徐洲更 7年前 1571

GATK之BaseRecalibrator

BaseRecalibrator 简介 用途： 检测碱基质量分数中的系统错误。分类： 序列数据处理工具概要： 所谓的变异位点，就是与参考基因组不同的部分，假设原始数据中就存在着一些由于测序仪器产生的系统性误差，那么变异位点识别过程中找到的variant，就会
徐洲更 7年前 954

用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？
徐洲更 7年前 963

Bioconductor的数据类型

Introduction to Bioconductor for Sequence Data 在院士组轮转的时候，由于没人安排我去做什么，我也不懂怎么和别人交流，于是那些日子就在翻译Biocondutor的教程中度过。本文为我学习Bioconductor所写
徐洲更 6年前 842

GATK之VariantAnnotator

VariantAnnotator 简要说明 用途： 利用上下文信息注释识别的变异位点(variant calls)分类： 变异位点操作工具概要： 根据变异位点的背景信息（与功能注释相对）进行注释。目前有许多的注释模块（见注释模块一节）可供使用。 输入文件 用
徐洲更 7年前 1839

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