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blast搜索数据库 相关的博客

biostar handbook(七)| BLAST

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 7年前 1036

这或许是我写的最全的BLAST教程

Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda bl
徐洲更 7年前 1822

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕
徐洲更 6年前 2664

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

MCScanX使用小记

一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网： http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程： 其实之前已经有两位前辈写过教程了的，我这只是再给需要的朋友举个例子打个样。详情请戳下面两个
卖萌哥、 6年前 1604

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备 先在工作目录下创建以下几个目录： 01.raw_data #用于存放原始数据 02.fastq #用于存放fastq格式数据 03.fastqc #用于存放QC结果 04.trinity_result #用于存放trinity结果 数据处理的顺
卖萌哥、 6年前 1366

使用二代测序寻找T-DNA插入

本文接着每日文献：2018-02-27，上文探讨方法，本文是具体代码 为了解基因组存在T-DNA插入时，即基因组构成为AC而样本基因组为ABC的情况得到的测序结果在序列比对的时候的可能情况，因此需要先要使用模拟数据进行探索。 第一步：构建参考序列和实际序列。
徐洲更 6年前 1893

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