基因注释 数据库

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基因注释 数据库 相关的博客

一个用interproscan做基因注释的简易教程

官网地址： http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址： https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接：
卖萌哥、 6年前 4297

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可
徐洲更 7年前 909

基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测，根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对，完成功能注释。常用数据库一共有以几种： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN
徐洲更 6年前 1238

使用MAKER进行基因注释(基础入门）

maker 在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还可以不断训练，最初的输出结果可以继续用作输入训练基因预测的算法，从而获取
徐洲更 6年前 1384

用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？
徐洲更 7年前 963

阿里云云数据库开了一个未来大会，谈了谈2038年的数据库趋势

“未来的某一天，量子数据库是我们改造其他星球的关键技术之一。” 1月17日，在北京举行的阿里云2018云数据库智能未来大会上，阿里云高级产品专家王义成如是说。 除了阿里云的全新一代NoSQL向NewSQL融合，NewSQL产品家族发布，在这场大会上更有看点的
阿里云头条 6年前 8472

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

使用Mikado进行基因结构注释

Mikado是基于Python3写的基因组结构注释工具，它主要做的是从多个转录组组装工具得到的转录本里挑选出最好的结果作为基因组的结构注释。此外，它还会基于同源蛋白比对结果对转录本打分。换句话说这个软件主要是根据转录组数据进行注释，没有 ab inito 预
徐洲更 6年前 1198

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