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转录组入门（5）： 序列比对

欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fa
徐洲更 6年前 1700

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 5年前 4101

一文尝试解决水稻参考基因组下载

昨天发了如何一步下载水稻泛基因组的contig序列，就有小伙伴在后台问我如何下载水稻最新版日本晴参考基因组序列。由于我主要是研究拟南芥(Arabidopsis thaliana)， 默认都是去TAIR上下载TAIR10的参考序列和注释信息，对水稻其实没有多大
徐洲更 6年前 1276

植物的Transcription Factor挖掘笔记

1、了解一下有哪些转录因子 1、在网站http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/中查找已知转录因子有哪些 2、下载已有种子 根据第一步中已知的转录因子的简写，在http://pfam.xfam.org/search#searchKeyw
卖萌哥、 5年前 635

Laravel有漏洞该如何修复网站漏洞

Laravel框架是目前许多网站,APP运营者都在使用的一款开发框架,正因为使用的网站较多,许多攻击者都在不停的对该网站进行漏洞测试,我们在对该套系统进行漏洞测试的时候,发现存在REC漏洞.主要是XSRF漏洞,下面我们来详细的分析漏洞,以及如何利用,漏洞修复
网站安全 4年前 837

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可
徐洲更 6年前 909

一个用interproscan做基因注释的简易教程

官网地址： http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址： https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接：
卖萌哥、 5年前 4297

使用SHOREmap做mapping-by-sequencing

简介 SHOREmap可以用来分析传统作图群体（自然系natural strains和分化系,diverged accession杂交，或outcrossing)或近等作图群体（isogenic mapping population, 诱变后代与未诱变亲本进
徐洲更 7年前 1082

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