使用kegg构建数据库

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文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 （HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/）。根据口腔的解剖学定义，387个口腔样本（33
夜神moon 6年前 1294

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 6年前 4101

用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？
徐洲更 7年前 963

如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据 我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教，为了解决这
徐洲更 6年前 3707

Unsupervised clustering reveals new prostate cancer subtypes

摘要 背景：前列腺癌是男性中第二常见的癌症。发展基于基因的分类方法是迫切的要求。我们的目标是建立基因分型。 方法：我们使用了四个前列腺癌数据集。癌症基因组图谱（TCGA）RNA-Seq数据用于训练分类器。基于分类器的三个亚型被测试是否具有临床数据存在显着差异
夜神moon 6年前 1431

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