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Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库

Introduction to Protein Databases 蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。 已知给定一个uniprot id,可以通过链接"htt
徐洲更 7年前 1175

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更 8年前 1571

文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

材料和方法 获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据 （HNSCC）从Cancer Genome Atlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/）。根据口腔的解剖学定义，387个口腔样本（33
夜神moon 7年前 1294

如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据 我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教，为了解决这
徐洲更 7年前 3707

像学R一样学Python数据分析之基本数据管理

两种基本数据结构 pandas具有两种主要的数据结构，一种叫做 Series, 直译就是序列， 另一种叫做 DataFrame， 直译就是数据框。 这两者与Python内置的数据结构，以及Numpy的ndarray数据结构最大的不同就在于，它们是由数据和数据
徐洲更 8年前 1066

ATAC-Seq 数据分析（上）

背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。 包装分为多个水平，核小体核心颗粒(
徐洲更 8年前 1225

【Python标准库:re】如何在Python中使用正则表达式

Python的正则表达式 Python通过导入标准库re实现正则表达式(regular expression)，Python的正则表达式引擎和Perl一样，并且兼容Perl流派的元字符。 元字符 Python支持的元字符很多，一种是比较常见，我之前也就只会用
徐洲更 7年前 866

Whole-Genome Expression Microarray Combined with Machine Learning to Identify Prognostic Biomarke...

摘要 本研究的目的是建立一个框架，以更好地了解高级别胶质瘤（HGG）预后相关的生物标志物。进行全基因组基因表达微阵列以鉴定HGG和低级弥漫性神经胶质瘤之间的差异表达基因。几种机器学习算法用于过滤预后相关基因。选择手术切除后的一千九百名HGG患者进行生存分析。
夜神moon 7年前 1180

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