EHPC药物筛选
EHPC药物筛选
场景描述 本方案适用于使用弹性高性能计算 EHPC和文件存储NAS来搭建基础环 境,运行药物筛选应用AutodockVina 的场景中,这里采用批处理方式来提交 作业,并可以可视化计算结果。 方案架构 1.计算之前,将数据通过互联网/闪电立方/高速通道上传到阿里云OSS 2.计算时,将数据从OSS拉取到文件共享存储NAS上 3.计算时,在EHPC集群上进行,计算节点从NAS上读写数据 • 容量型NAS:低成本,大容量 • 性能型NAS:适合高IOPS应用,作为临时目录 • CPFS:适合超大规模,并行度极高的作业 4.计算节点: • 如果对计算时间不敏感,希望低成本运算,可选ECS实例 • 如果时效性要求高,建议采用SCC超级计算集群 5.可视化 • 如果可视化部分计算量不大,可以采用EHPC自带的可视化服务 解决问题 1.使用EHPC运行药物筛选应用 2.使用nas存储计算数据 3.使用OSS保存计算结果 • 通过分子对接(moleculardocking)模拟计算进行药物筛选,是模拟小分子配体和生物大分子受体的 相互作用,预测配体和受体的结合模式和亲和力。 • 通常,有很多已有的配体库,如商业化的Specs、Enamine和ChemDiv化合物库。提供大量配体,模 拟计算就是计算这些配体和给定受体的相互作用。 • 每次模拟计算通常处理一个配体和一个受体,不同配体之间没有依赖,因此可以同时大规模并行处 理。 本解决方案同样适用于有批量、高并发处理需求的其它生物、医药等场景。 产品列表 弹性高性能计算E-HPC 文件存储NAS 对象存储OSS
1fkn_rgd.pdbqt 是受体的文件,配体 在 test 目录下,有 30 个:这里会计算1fkn与每一个配体的亲和度,这个例子只用来demo,并不具有实际意义。vina-ehpcarrayjob.tar.gz 这个文件可以从本方案提供的代码里获取。[root@login0~]#tar xzvf vina-ehpcarrayjob.tar.gz[root@login0~]#cd vina-ehpcarrayjob[root@login0 ...
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利用低成本链路完成业务数据迁移上云
利用低成本链路完成业务数据迁移上云
场景描述 随着云计算被越来越多的客户所接受,除业务系 统上云外,很多客户已经把业务数据搬迁上云。 业务数据量一般都比较大,迁移上云需要大量的 网络带宽,BGP费用比较高。阿里云对用户开 放所需地域购买静态单线共享带宽包的权限(移 动/联通/电信均可),可用为迁移数据有效降低 成本。 解决问题 1.业务数据上云网络成本高 产品列表 专有网络VPC 云服务器ECS 网络存储NAS 共享带宽包
传输文件在云下A主机所挂载存储数据上,为方便演示,在A主机根目录/qiany目录 下,准备迁移的文件如下(后面介绍生成方式)。1.100m.file#100m的文件3个。2.1000m.file#1000m的文件2个。共2300m(方案验证为了时间成本不演示全部200TB的传输)。登录云下服务器,准备迁移数据 步骤1 SSH登录服务器。sshroot@47.xxx.xxx.114 ...
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超级计算集群实现自然语言处理训练
超级计算集群实现自然语言处理训练
场景描述 本方案适用于自然语言训练场景,使用神龙 GPU云服务器(SCCGN6)+CPFS进行NLP的 训练,采用Bert模型。这里不使用容器,直接 使用裸机进行NLP的Bert训练,使用飞天AI加 速训练工具可以有效提升多机多卡的训练效率。 解决问题 使用神龙GPU云服务器搭建NLP训练环 境 使用SCC的RDMA网络 使用CPFS存储训练数据 使用飞天AI加速训练工具加速训练 产品列表 神龙GPU云服务器(SCCGN6) SCC超级计算集群 CPFS共享存储
 在左侧导航栏,单击文件系统>文件系统列表  在文件系统列表页面,单击目标文件系统名称,进入文件系统详情页,单击挂载使用。 在客户端管理节点区域,列表中第一个ECS实例默认为CPFS客户端安装节点,远程连接 该ECS实例。17企业上云实践 基于超级计算集群的自然语言处理AI训练 18企业上云实践 基于超级计算集群的...
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KVM on弹性裸金属
KVM on弹性裸金属
场景描述 神龙是一款兼具虚拟机弹性和物理机性能及特性的 新型计算产品,为用户上云提供便捷。上一篇《阿里 云弹性裸金属最佳实践之VMwareon神龙》介绍了 基于阿里云神龙部署VMware,本篇指导用户基于神 龙自行创建KVM虚拟机。用户在将线下基于KVM 的业务灵活部署上云的同时,可充分管理和利用云上 计算资源。 解决问题 1.为传统企业提供在阿里云上自建KVM虚拟化平 台的解决方案。 2.基于KVM虚拟化平台的系统如何迁移上云。 产品列表 1.弹性裸金属服务器 2.文件系统NAS 3.弹性公网IP
文档版本:20191213 24 KVMon弹性裸金属 基础环境配置 步骤2 在左侧导航栏,单击文件系统下的文件系统列表,选择地域为华东2(上海),并单击 右上角的。步骤3 选择极速型NAS(按量后付费)配置相关参数,并单击立即购买。具体参数描述见下表。配置项 说明 地域 华东2(上海)可用区 上海可用区E 类型 高级型 容量 500GB ...
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RAPIDS加速机器学习
RAPIDS加速机器学习
场景描述 本方案适用于使用RAPIDS加速库+GPU 云服务器来对机器学习任务或者数据科学 任务进行加速的场景。相比CPU,利用 GPU+RAPIDS在某些场景下可以取得非常 明显的加速效果。 解决问题 1.搭建RAPIDS加速机器学习环境 2.使用容器服务Kubernetes版部署 RAPIDS环境 3.使用NAS存储计算数据 产品列表 容器服务Kubernetes版 GPU云服务器 文件存储NAS
使用容器服务 ACK部署 RAPIDS环境 本章创建一个专有集群,在创建时,将 worker数量设置为 0,后面通过自动添加的 方式,将之前创建的 ECS实例进来。6.1.1.创建容器服务集群 步骤1 登录阿里云管理控制台。(https://home.console.aliyun.com)步骤2 通过产品与服务导航,定位到容器服务 Kubernetes版,单击进入容器服务-...
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基因计算工作流
基因计算工作流
场景描述 适合利用容器服务Kubernetes版上的工作流 引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流 引擎基于开源项目Argo实现,支持并发、循环、 重试等多种执行策略。典型的基因计算过程会把 数据分批进行计算,按照规定好的步骤依次完成 计算,这符合工作流的特点:多层次,有向无环 图。 解决问题 1.基因计算如何构建工作流 2.容器服务Kubernetes版结合 共享文件存储NAS提供数据 服务 3.构建单POD工作流 产品列表 容器服务Kubernetes版 文件存储NAS
基因计算工作流 最佳实践 架构图 场景...阿里云账号下已开通以下阿里云服务:ᅳ 容器服务 Kubernetes版 ᅳ 文件存储 NAS服务 ᅳ 资源编排(ROS)服务 ᅳ 访问控制(RAM)服务 ᅳ 日志服务(SLS)ᅳ 弹性伸缩服务(ESS)ᅳ 文件存储 NAS服务 下载本文用到的操作命令和代码:以 CentOS主机为例:#yum-y install git#git clone ...
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混合云使用Ali-Perseus
混合云使用Ali-Perseus
场景描述 本文介绍了混合云场景中,自建 Kubernetes服务,线下集群+云上弹性扩 展阿里云GPU服务实例+飞天AI加速工 具,并采用阿里云CPFS存储,运行AI训 练+AI推理作业的操作步骤。 解决问题 1.利用云企业网打通两个地域的VPC, 自建Kubernetes集群 2.使用飞天AI加速工具运行训练和推理 作业 3.使用CPFS存储共享数据 产品列表 云企业网CEN GPU云服务器 并行文件存储CPFS 文件存储NAS
使用 CPFS存储共享数据 产品列表 云企业网 CEN 如二维码过期,GPU云服务器 请搜索群号:31852400 并行文件存储 CPFS 文件存储 NAS 云服务器 ECS(产品名称)文档模板(手册名称)/文档版本信息 阿里云 企业上云实践 混合云使用飞天 AI加速工具 最佳实践 文档版本:20200114 II 混合云使用飞天AI加速工具 文档版本信息 文档...
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VMware on 弹性裸金属
VMware on 弹性裸金属
场景描述 传统企业将VMware迁移到阿里云弹性裸 金属,利用云计算平台提供的弹性基础设 施,降低部分运维成本和学习成本,使用其 擅长的技术工具专注自身业务,实现线下业 务平滑迁移上云。 解决问题 1.VMware业务平滑迁移上云 2.集成云产品能力增强业务创新 3.降低混合云成本和复杂度 4.增强系统可用性 产品列表 EBM神龙 ECS NAS OSS ENI NAT EIP
步骤3 将 vCenter ISO 下 载 拷 贝 到 windows 服 务 器。本 示 例 使 用 VMware-VIM-all-6.5.0-8307201.iso。文档版本:20191121 51 VMwareon弹性裸金属 安装和部署VMware 步骤4 双击vCenter安装文件。步骤5 双击autorun。步骤6 根据安装向导,完成VMwarevCenterServer的安装。1.在适用于Windows的vCenterServer页面...
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FastGPU极速AI训练/推理
FastGPU极速AI训练/推理
利用 FastGPU工具一键构建阿里云上的AI训练/推理环境,并使用AIACC加速工具进行加速。
详见 https://cn.aliyun.com/product/ecs/gpu NAS: 阿里云文件存储(NAS)Network Attached Storage是一种分布式的网络 存储,为 ECS、HPC、FC 等提供安全、无限容量、高性能、高可靠、简单易 用的文件存储服务。FC与 NAS无缝集成。这使您的函数可以像访问本地文件系 统一样编写访问存储在其中一个 NAS 文件系统上的...
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容器跨可用区高可用
容器跨可用区高可用
场景描述 本实践适合使用容器服务ACK结合阿里云上的 其他产品构建跨可用区高可用应用的场景。在一 开始创建容器服务ACK的时候就把容器集群建 成多个可用区的架构,某可用区挂掉后,不影响 应用和集群的高可用。容器服务ACK通常配合 高可用SLB,RDS,Redis等产品,实现跨可用 区高可用。 解决问题 1.利用容器服务ACK搭建跨可用区高可用 的应用 2.容器服务ACK结合SLB,RDS,REDIS构 建高可用应用 产品列表 容器服务ACK RDSforMysql版 云数据库Redis版 文件存储NAS
解决问题 利用容器服务 ACK搭建跨可用区高可用 产品列表 的应用 容器服务 ACK 容器服务 ACK结合 SLB,RDS,REDIS构 RDS for Mysql版 建高可用应用 云数据库 Redis 版 文件存储 NAS 云速搭 CADT 最佳实践频道 阿里云最佳实践分享群 云服务器 ECS(产品名称)文档模板(手册名称)/文档版本信息 阿里云 企业上云实践 容器跨...
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RAPIDS加速图像搜索
RAPIDS加速图像搜索
场景描述 本方案适用于使用RAPIDS加速平台 +GPU云服务器来对图像搜索任务进行加 速的场景。相比CPU,利用GPU+ RAPIDS在图像搜索场景下可以取得非常 明显的加速效果。 解决问题 1.搭建RAPIDS加速图像搜索环境 2.使用容器服务Kubernetes版部署图 像搜索环境 3.使用NAS存储计算数据 产品列表 容器服务Kubernetes版 GPU云服务器 文件存储NAS
RAPIDS加速图像搜索 最佳实践 部署架构 场景描述 本方案适用于使用 RAPIDS加速平台+GPU云服务器来对图像搜索任务进行 速的场景。相比 CPU,利用 GPU+RAPIDS在图像搜索场景下可以取得非常 明显的加速效果。解决问题 1.搭建 RAPIDS加速图像搜索环境 2.使用容器服务 Kubernetes版部署图像搜 索环境 3.使用 NAS存储计算数据 ...
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