EHPC药物筛选
EHPC药物筛选
场景描述 本方案适用于使用弹性高性能计算 EHPC和文件存储NAS来搭建基础环 境,运行药物筛选应用AutodockVina 的场景中,这里采用批处理方式来提交 作业,并可以可视化计算结果。 方案架构 1.计算之前,将数据通过互联网/闪电立方/高速通道上传到阿里云OSS 2.计算时,将数据从OSS拉取到文件共享存储NAS上 3.计算时,在EHPC集群上进行,计算节点从NAS上读写数据 • 容量型NAS:低成本,大容量 • 性能型NAS:适合高IOPS应用,作为临时目录 • CPFS:适合超大规模,并行度极高的作业 4.计算节点: • 如果对计算时间不敏感,希望低成本运算,可选ECS实例 • 如果时效性要求高,建议采用SCC超级计算集群 5.可视化 • 如果可视化部分计算量不大,可以采用EHPC自带的可视化服务 解决问题 1.使用EHPC运行药物筛选应用 2.使用nas存储计算数据 3.使用OSS保存计算结果 • 通过分子对接(moleculardocking)模拟计算进行药物筛选,是模拟小分子配体和生物大分子受体的 相互作用,预测配体和受体的结合模式和亲和力。 • 通常,有很多已有的配体库,如商业化的Specs、Enamine和ChemDiv化合物库。提供大量配体,模 拟计算就是计算这些配体和给定受体的相互作用。 • 每次模拟计算通常处理一个配体和一个受体,不同配体之间没有依赖,因此可以同时大规模并行处 理。 本解决方案同样适用于有批量、高并发处理需求的其它生物、医药等场景。 产品列表 弹性高性能计算E-HPC 文件存储NAS 对象存储OSS
1fkn_rgd.pdbqt 是受体的文件,配体 在 test 目录下,有 30 个:这里会计算1fkn与每一个配体的亲和度,这个例子只用来demo,并不具有实际意义。vina-ehpcarrayjob.tar.gz 这个文件可以从本方案提供的代码里获取。[root@login0~]#tar xzvf vina-ehpcarrayjob.tar.gz[root@login0~]#cd vina-ehpcarrayjob[root@login0 ...
来自: 最佳实践 相关产品:云服务器ECS,对象存储 OSS,文件存储NAS,弹性高性能计算E-HPC
利用低成本链路完成业务数据迁移上云
利用低成本链路完成业务数据迁移上云
场景描述 随着云计算被越来越多的客户所接受,除业务系 统上云外,很多客户已经把业务数据搬迁上云。 业务数据量一般都比较大,迁移上云需要大量的 网络带宽,BGP费用比较高。阿里云对用户开 放所需地域购买静态单线共享带宽包的权限(移 动/联通/电信均可),可用为迁移数据有效降低 成本。 解决问题 1.业务数据上云网络成本高 产品列表 专有网络VPC 云服务器ECS 网络存储NAS 共享带宽包
4 文档版本:20191230 利用低成本链路完成业务数据迁移上云 配置云上环境 地域 华东2(上海)可用区B 实例  架构:x86计算  分类:通用型  通用网络增强型sn2ne ecs.sn2ne.large(2vCPU,8GiB) 购买实例数量:1台 镜像 公共镜像 CentOS 7.664位 存储  系统 高效云盘40GiB  数据 高效云盘20GiB(根据实际数据...
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超级计算集群实现自然语言处理训练
超级计算集群实现自然语言处理训练
场景描述 本方案适用于自然语言训练场景,使用神龙 GPU云服务器(SCCGN6)+CPFS进行NLP的 训练,采用Bert模型。这里不使用容器,直接 使用裸机进行NLP的Bert训练,使用飞天AI加 速训练工具可以有效提升多机多卡的训练效率。 解决问题 使用神龙GPU云服务器搭建NLP训练环 境 使用SCC的RDMA网络 使用CPFS存储训练数据 使用飞天AI加速训练工具加速训练 产品列表 神龙GPU云服务器(SCCGN6) SCC超级计算集群 CPFS共享存储
 在左侧导航栏,单击文件系统>文件系统列表  在文件系统列表页面,单击目标文件系统名称,进入文件系统详情页,单击挂载使用。 在客户端管理节点区域,列表中第一个ECS实例默认为CPFS客户端安装节点,远程连接 该ECS实例。17企业上云实践 基于超级计算集群的自然语言处理AI训练 18企业上云实践 基于超级计算集群的...
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KVM on弹性裸金属
KVM on弹性裸金属
场景描述 神龙是一款兼具虚拟机弹性和物理机性能及特性的 新型计算产品,为用户上云提供便捷。上一篇《阿里 云弹性裸金属最佳实践之VMwareon神龙》介绍了 基于阿里云神龙部署VMware,本篇指导用户基于神 龙自行创建KVM虚拟机。用户在将线下基于KVM 的业务灵活部署上云的同时,可充分管理和利用云上 计算资源。 解决问题 1.为传统企业提供在阿里云上自建KVM虚拟化平 台的解决方案。 2.基于KVM虚拟化平台的系统如何迁移上云。 产品列表 1.弹性裸金属服务器 2.文件系统NAS 3.弹性公网IP
1台 镜像 公共镜像 CentOS7.664位 存储 系统 高效云盘40GiB 网络 专有网络 vpc-hangzhou/vsw-g-prod 公网带宽 勾选分配公网IPv4地址 按使用流量50Mbps 安全组 开放22端口、3389端口、5900-5999端口、ICMP 协议 弹性网卡-1 网卡名称 系统分配 专有网络 vpc-hangzhou/vsw-g-prod 主私IP 此地址必须是所属交换机的地址段内...
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云端影视渲染
云端影视渲染
场景描述 本文介绍如何搭建一个完整的混合云渲染服务架构,本地与云端的网络以SSL-VPN方式进行互联。 解决问题 1、使用SSL-VPN构建本地网络与云上VPC环境的安全互联。 2、使用批量计算服务管理渲染计算集群,集群计算节点自动加入Deadline资源池。 3、使用Deadline做渲染任务管理。 4、批量计算集群计算节点根据Deadline渲染任务自动扩容和收缩,资源管理自动化。 产品列表 1、云服务器ECS 2、GPU云服务器GPU 3、批量计算BCS 4、专有网络VPC 5、弹性公网IP 6、文件存储NAS
如果系统提示配置文件的格式问题,请使用写字板程序将配置文件 config.ini另存为一 纯文本文件格式的文件,并使用该新的配置文件启动自动伸缩插件。步骤6 此时可以看到 deadline web services的运行窗口内日志滚动。文档版本:20200220 114 云端影视渲染 自动伸缩脚本部署及验证 步骤7 查看日志文件,确认自动伸缩脚本...
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EHPC混合云渲染
EHPC混合云渲染
介绍在混合云环境下,利用E-HPC及其文件缓存机制,无缝读取线下存储中的项目资产,免去复杂繁琐的文件同步问题;充分利用云上资源弹性、按使用付费的优势,构建高性能、高可靠和可扩展的渲染服务。 解决问题 l混合云环境下本地集群与云端集群一体化的渲染服务。 l避免繁琐复杂的本地与云端的文件同步问题。 l低成本、高效率应对渲染业务峰值。 产品列表 l云服务器、GPU云服务器 l高性能计算E-HPC l专有网络VPC l云企业网CEN l弹性公网IP EIP l访问控制RAM l文件存储NAS
E-HPC混合云渲染最佳实践 场景描述 部署架构图:介绍在混合云环境下,利用 E-HPC及其文件缓存 机制,无缝读取线下存储中的项目资产,免去复 杂繁琐的文件同步问题,充分利用云上资源弹 性、按使用付费的优势,构建高性能、高可靠和 可扩展的渲染服务。解决问题 混合云环境下本地集群与云端集群一体化的渲染 服务。避免繁琐...
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基因计算工作流
基因计算工作流
场景描述 适合利用容器服务Kubernetes版上的工作流 引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流 引擎基于开源项目Argo实现,支持并发、循环、 重试等多种执行策略。典型的基因计算过程会把 数据分批进行计算,按照规定好的步骤依次完成 计算,这符合工作流的特点:多层次,有向无环 图。 解决问题 1.基因计算如何构建工作流 2.容器服务Kubernetes版结合 共享文件存储NAS提供数据 服务 3.构建单POD工作流 产品列表 容器服务Kubernetes版 文件存储NAS
Kubernets版本 1.14.8-aliyun.1 容器运行时 docker 节点类型 按量付费 Master实例数量 3 实例规格 可用区 H 4核 8G(ecs.c6.xlarge)系统 ESSD云盘 120GiB Worker实例 新增实例 实例规格 4核 8G(ecs.c5.xlarge)4核 16G(ecs.g5.xlarge)4核 8G(ecs.c6.xlarge)基因计算一般采用 c6/g6/c5/g5等类型 数量 3 台 系统 ...
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混合云使用Ali-Perseus
混合云使用Ali-Perseus
场景描述 本文介绍了混合云场景中,自建 Kubernetes服务,线下集群+云上弹性扩 展阿里云GPU服务实例+飞天AI加速工 具,并采用阿里云CPFS存储,运行AI训 练+AI推理作业的操作步骤。 解决问题 1.利用云企业网打通两个地域的VPC, 自建Kubernetes集群 2.使用飞天AI加速工具运行训练和推理 作业 3.使用CPFS存储共享数据 产品列表 云企业网CEN GPU云服务器 并行文件存储CPFS 文件存储NAS
使用 CPFS存储共享数据 产品列表 云企业 CEN 如二维码过期,GPU云服务器 请搜索群号:31852400 并行文件存储 CPFS 文件存储 NAS 云服务器 ECS(产品名称)文档模板(手册名称)/文档版本信息 阿里云 企业上云实践 混合云使用飞天 AI加速工具 最佳实践 文档版本:20200114 II 混合云使用飞天AI加速工具 文档版本信息 文档...
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FastGPU极速AI训练/推理
FastGPU极速AI训练/推理
利用 FastGPU工具一键构建阿里云上的AI训练/推理环境,并使用AIACC加速工具进行加速。
详见 https://cn.aliyun.com/product/ecs/gpu NAS: 阿里云文件存储(NAS)Network Attached Storage是一种分布式的网络 存储,为 ECS、HPC、FC 等提供安全、无限容量、高性能、高可靠、简单易 用的文件存储服务。FC与 NAS无缝集成。这使您的函数可以像访问本地文件系 统一样编写访问存储在其中一个 NAS 文件系统上的...
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容器跨可用区高可用
容器跨可用区高可用
场景描述 本实践适合使用容器服务ACK结合阿里云上的 其他产品构建跨可用区高可用应用的场景。在一 开始创建容器服务ACK的时候就把容器集群建 成多个可用区的架构,某可用区挂掉后,不影响 应用和集群的高可用。容器服务ACK通常配合 高可用SLB,RDS,Redis等产品,实现跨可用 区高可用。 解决问题 1.利用容器服务ACK搭建跨可用区高可用 的应用 2.容器服务ACK结合SLB,RDS,REDIS构 建高可用应用 产品列表 容器服务ACK RDSforMysql版 云数据库Redis版 文件存储NAS
解决问题 利用容器服务 ACK搭建跨可用区高可用 产品列表 的应用 容器服务 ACK 容器服务 ACK结合 SLB,RDS,REDIS构 RDS for Mysql版 建高可用应用 云数据库 Redis 版 文件存储 NAS 云速搭 CADT 最佳实践频道 阿里云最佳实践分享群 云服务器 ECS(产品名称)文档模板(手册名称)/文档版本信息 阿里云 企业上云实践 容器跨...
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RAPIDS加速图像搜索
RAPIDS加速图像搜索
场景描述 本方案适用于使用RAPIDS加速平台 +GPU云服务器来对图像搜索任务进行加 速的场景。相比CPU,利用GPU+ RAPIDS在图像搜索场景下可以取得非常 明显的加速效果。 解决问题 1.搭建RAPIDS加速图像搜索环境 2.使用容器服务Kubernetes版部署图 像搜索环境 3.使用NAS存储计算数据 产品列表 容器服务Kubernetes版 GPU云服务器 文件存储NAS
存储 系统 高效云盘 200 GiB 配置完成,单击下一步:网络和安全组。13 RAPIDS加速图像搜索 创建并配置 gnv6实例 说明:此镜像详细信息如下:14 RAPIDS加速图像搜索 创建并配置 gnv6实例 https://market.aliyun.com/products/57742013/cmjj026610.html NVIDIA GPU Cloud VM Image (虚拟机镜像)是运行针对 NVIDIA GPU优化的...
来自: 最佳实践 | 相关产品:云服务器ECS,文件存储NAS,容器服务 ACK
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