RAPIDS加速机器学习
RAPIDS加速机器学习
场景描述 本方案适用于使用RAPIDS加速库+GPU 云服务器来对机器学习任务或者数据科学 任务进行加速的场景。相比CPU,利用 GPU+RAPIDS在某些场景下可以取得非常 明显的加速效果。 解决问题 1.搭建RAPIDS加速机器学习环境 2.使用容器服务Kubernetes版部署 RAPIDS环境 3.使用NAS存储计算数据 产品列表 容器服务Kubernetes版 GPU云服务器 文件存储NAS
JupyterLab application directory is/conda/envs/rapids/share/jupyter/lab[W 10:20:48.259 LabApp]JupyterLab server extension not enabled,manually loading.[I 10:20:48.261 LabApp]JupyterLab extension loaded from/conda/envs/rapids/lib/python3.6/site-packages/jupyterlab[I 10:20:48.261 LabApp]JupyterLab ...
来自: 最佳实践 相关产品:云服务器ECS,文件存储NAS,容器服务 ACK
EHPC药物筛选
EHPC药物筛选
场景描述 本方案适用于使用弹性高性能计算 EHPC和文件存储NAS来搭建基础环 境,运行药物筛选应用AutodockVina 的场景中,这里采用批处理方式来提交 作业,并可以可视化计算结果。 方案架构 1.计算之前,将数据通过互联网/闪电立方/高速通道上传到阿里云OSS 2.计算时,将数据从OSS拉取到文件共享存储NAS上 3.计算时,在EHPC集群上进行,计算节点从NAS上读写数据 • 容量型NAS:低成本,大容量 • 性能型NAS:适合高IOPS应用,作为临时目录 • CPFS:适合超大规模,并行度极高的作业 4.计算节点: • 如果对计算时间不敏感,希望低成本运算,可选ECS实例 • 如果时效性要求高,建议采用SCC超级计算集群 5.可视化 • 如果可视化部分计算量不大,可以采用EHPC自带的可视化服务 解决问题 1.使用EHPC运行药物筛选应用 2.使用nas存储计算数据 3.使用OSS保存计算结果 • 通过分子对接(moleculardocking)模拟计算进行药物筛选,是模拟小分子配体和生物大分子受体的 相互作用,预测配体和受体的结合模式和亲和力。 • 通常,有很多已有的配体库,如商业化的Specs、Enamine和ChemDiv化合物库。提供大量配体,模 拟计算就是计算这些配体和给定受体的相互作用。 • 每次模拟计算通常处理一个配体和一个受体,不同配体之间没有依赖,因此可以同时大规模并行处 理。 本解决方案同样适用于有批量、高并发处理需求的其它生物、医药等场景。 产品列表 弹性高性能计算E-HPC 文件存储NAS 对象存储OSS
1fkn_rgd.pdbqt 是受体的文件,配体 在 test 目录下,有 30 个:这里会计算1fkn与每一个配体的亲和度,这个例子只用来demo,并不具有实际意义。vina-ehpcarrayjob.tar.gz 这个文件可以从本方案提供的代码里获取。[root@login0~]#tar xzvf vina-ehpcarrayjob.tar.gz[root@login0~]#cd vina-ehpcarrayjob[root@login0 ...
来自: 最佳实践 | 相关产品:云服务器ECS,对象存储 OSS,文件存储NAS,弹性高性能计算E-HPC
RAM角色集成企业OpenLDAP身份认证
RAM角色集成企业OpenLDAP身份认证
场景描述 本文介绍阿里云RAM使用KeyCloak集成企业OpenLDAP, 管理员工的身份及权限。配置RAM角色与KeyCloak 用户 /用户组的映射关系,实现企业员工使用企业OpenLDAP账 号以单点登录(SSO)的方式访问阿里云控制台。 解决问题 快速部署OpenLDAP及用户创建。 快速部署KeyCloak,并与OpenLDAP实现用户联 合。 阿里云角色SSO配置。 KeyCloak用户绑定RAM角色SSO。 KeyCloak用户组绑定RAM角色SSO。 产品列表 访问控制RAM 专有网络VPC 云服务器ECS 容器镜像服务ACR
配置镜像加速 默认安装的 Docker使用官方提供的中央镜像仓库,由于网络等原因,访问稳定性和 的下载速度常常都不令人满意。我们通过使用阿里云提供的加速镜像源来解决这个 问题。操作步骤 登录容器镜像服务控制台。(https://cr.console.aliyun.com/)在镜像中心>镜像加速器下获取镜像加速器地址及操作配置方法。按步骤...
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基因计算工作流
基因计算工作流
场景描述 适合利用容器服务Kubernetes版上的工作流 引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流 引擎基于开源项目Argo实现,支持并发、循环、 重试等多种执行策略。典型的基因计算过程会把 数据分批进行计算,按照规定好的步骤依次完成 计算,这符合工作流的特点:多层次,有向无环 图。 解决问题 1.基因计算如何构建工作流 2.容器服务Kubernetes版结合 共享文件存储NAS提供数据 服务 3.构建单POD工作流 产品列表 容器服务Kubernetes版 文件存储NAS
配置项 说明 地域 华北 2(北京)存储类型 容量型 协议类型 NFS(包含 NFSv3和 NFSv4)可用区 华北 2 可用区 H 文档版本:20191127 26 基因计算工作流最佳实践 工作流配置 步骤4 单击新建文件系统操作列下的添加挂载点。步骤5 在添加挂载点页面,参考下表,配置相关参数,并单击确定。配置项 说明 挂载点类型 专有网络 VPC...
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企业用户多账号合并之存储迁移集中
企业用户多账号合并之存储迁移集中
场景描述 本文介绍使用在线迁移服务,将分布在各个云 账号中的对象存储、文件存储数据集中到一个 账号的对象存储或文件存储下。 解决问题 1.安全治理需求,统一的账户体系、身份、权 限及资源管理。 2.业务系统相互访问,数据统一需求。 3.系统架构及资源成本优化需求,多账号下的 带宽、流量、存储包等资源整合优化。 4.企业或部门合并时云账号的合并。 产品列表 RAM OSS NAS 在线迁移
因 在线迁移服务会比对源数据地址和目的数据地址中的文件,若目的数据地址中有 与源数据地址同名的文件,且源数据地址中该文件的更新时间比目的数据地址中 该文件的更新时间晚,则迁移服务会用源文件地址中的文件覆盖目的数据地址中 的文件。全量数据迁移任务多次提交时,如果文件名一致、ContentType 一致、大小相同 且...
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FastGPU极速AI训练/推理
FastGPU极速AI训练/推理
利用 FastGPU工具一键构建阿里云上的AI训练/推理环境,并使用AIACC加速工具进行加速。
这使您的函数可以访问本地文件系 一样编写访问存储在其中一个 NAS 文件系统上的文件。详见 https://cn.aliyun.com/product/nas 对象存储 OSS:海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务,提供 99.9999999999%的数据可靠性。使用 RESTful API 可以在互联网任何位置存储和访问,容量和处 III FastGPU极速 AI推理 前言 理...
来自: 最佳实践 | 相关产品:块存储,专有网络 VPC,对象存储 OSS,文件存储NAS,文件存储 CPFS,GPU云服务器
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