高性能并行计算

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Gromacs Ehpc计算巢快速部署文档

AliyunComputeNestUserFullAccess 管理计算巢服务(ComputeNest)的用户侧权限 计费说明 Gromacs社区版在计算巢部署的费用主要涉及:弹性高性能计算集群(EHPC)费用。文件系统(NAS)费用。流量带宽费用。部署架构 由一个ehpc集群组成,...

管理作业模板

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,选择 作业 与性能 管理 作业。在 作业 页面,选择待创建作业模板的集群。单击页面左侧的 提交作业 页签。在 提交作业 区域,完成作业参数配置,单击 图标将当前...

快速开启GROMACS分析任务

本文以在E-HPC集群中使用GROMACS软件运行水分子算例进行高性能计算为例,介绍如何利用E-HPC Portal快速运行作业。更多关于E-HPC Portal信息,请参见 E-HPC Portal功能概述。准备工作 已创建服务关联角色。首次登录E-HPC控制台,系统会提示...

MemVerge服务计算巢模式部署文档

权限策略名称 备注 AliyunNASFullAccess 管理文件存储服务(NAS)的权限 AliyunECSFullAccess 管理云服务器服务(ECS)的权限 AliyunVPCFullAccess 管理专有网络(VPC)的权限 AliyunEHPCFullAccess 管理弹性高性能计算(EHPC)的权限 授予...

监控作业

操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,选择 作业与性能管理 作业。在 作业 页面,选择目标集群,单击 作业监控 页签。设置筛选条件。支持设置的筛选条件如下:时间段:过滤某一时间段内的...

使用HPL测试集群浮点性能

HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试,评价高性能计算集群的浮点计算能力。浮点计算峰值是指计算机每秒可以完成的浮点计算次数,包括理论浮点峰值和实测浮点峰值。理论浮点峰值是该计算机理论上每秒...

LAMMPS Ehpc服务实例部署文档

AliyunComputeNestUserFullAccess 管理计算巢服务(ComputeNest)的用户侧权限 计费说明 LAMMPS社区版在计算巢部署的费用主要涉及:弹性高性能计算集群(EHPC)费用 文件系统(NAS)费用 流量带宽费用 部署架构 服务实例由一个EHPC集群组成...

AlphaFold2 Ehpc计算巢快速部署文档

AliyunComputeNestUserFullAccess 管理计算巢服务(ComputeNest)的用户侧权限 计费说明 AlphaFold2社区版在计算巢部署的费用主要涉及:弹性高性能计算集群(EHPC)费用 文件系统(NAS)费用 流量带宽费用 部署架构 部署由一个ehpc集群组成...

查看集群报表

操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,选择 作业与性能管理 报表。在顶部下拉列表中,选择目标集群。查看报表。查看集群节点数量。节点数量展示集群中节点数量的变化折线图,支持显示各队列...

创建带有插件的集群

使用控制台创建带有插件的集群 创建不同接入模式集群的操作如下:Image接入模式 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群 页面右上角,单击 创建集群。根据自身业务场景进行设置,在...

使用HPL测试集群浮点性能

HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试,评价高性能计算集群的浮点计算能力。浮点计算峰值是指计算机每秒可以完成的浮点计算次数,包括理论浮点峰值和实测浮点峰值。理论浮点峰值是该计算机理论上每秒...

创建混合云集群

您可以利用本地的HPC集群在阿里云扩容计算节点资源,统一调度云上资源和您的本地资源进行高性能计算。本文介绍如何通过E-HPC管理控制台创建混合云集群。前提条件 已创建专有网络VPC和交换机。具体操作,请参见 创建专有网络 和 创建交换机...

使用LAMMPS软件进行工业仿真

E-HPC作为高性能且弹性的计算集群,可为复杂工程和力学结构提供辅助分析,通过大量数据仿真模拟优化产品结构和性能,目前在工业仿真领域的应用越来越多。准备工作 创建E-HPC集群。具体操作,请参见 使用向导创建集群。配置集群时,本文使用...

功能特性

弹性高性能计算集群 自动化创建和管理HPC集群,提供常见的HPC调度器,支持公共云部署和线下集群Cloud Busrting能力。功能集 功能 功能描述 参考文档 集群管理 队列管理 提供集群队列功能,用于划分计算资源,调度用户作业,以及管理用户...

创建集群

计算节点:用于执行高性能计算作业的节点,其配置决定了E-HPC集群的总体性能。管控节点:用于进行作业调度和域账号管理的节点。登录节点:默认绑定弹性公网IP,您可远程登录该节点,通过命令行操作集群。展开高级配置,配置网络、存储等...

实例规格选型指导

场景分类 场景细分 推荐规格族 性能需求 处理器与内存比 通用应用 均衡性能应用,后台应用 g系列,如g7 中主频,计算密集型 1:4 高网络收发包应用 g系列,如g7 高网络PPS,计算密集型 1:4 高性能计算 hfc系列,如hfc7 高主频,计算密集型 1...

账单查询

在 账单详情 页面,统计项 选择 计费项 或 实例,统计周期 设置为 明细,产品名称 选择 弹性高性能计算,商品名称 选择 E-HPC Instant 计算服务,单击 搜索。说明 您可以单击账单右上角的 图标,在弹出的 定制列 对话框中,选择您希望展示...

SDK概述

本文为您介绍了E-HPC Instant计算...{endpoint}:弹性高性能计算的服务地址。更多信息,请参见 服务接入点。{accessKeyId} 和${accessKeySecret}:您的访问密钥信息,需登录 RAM控制台 查看。具体步骤,请参见 查看RAM用户的AccessKey信息。

日志

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群列表 页面,单击目标 集群名称。在左侧导航栏,选择 运维管理 日志。根据需要设置查询条件,然后单击 图标。查询条件说明如下:查询条件 ...

伸缩集群

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群列表 页面,找到待操作的集群,单击 自动伸缩。在弹出的 集群自动伸缩 对话框中,完成 集群全局配置 区域的参数配置。配置项 说明 开关设置 ...

通过配置工业仿真软件支持eRDMA以提升仿真效率

此外,它还支持与RDMA技术相关的通信库(如DAPL、OpenFabrics等),这使得它能够在高性能计算环境中做到无缝集成,并确保良好的通信性能。具体支持情况如下:MPI库 通过DAPL提供对eRDMA的支持 通过OFI提供对eRDMA的支持 Intel MPI 2017、...

登录E-HPC Portal

在 弹性高性能计算控制台 的新版 集群 页面找到目标集群,在 自定义服务组件 区域,单击 Web Portal 即可打开E-HPC Portal登录页面。说明 如果您使用旧版控制台,可在 集群 页面的右上角单击 体验新版 切换到新版控制台。方式二:打开浏览...

登录集群

规则方向 授权策略 端口范围 优先级 授权对象 入方向 允许 SSH(22)1 0.0.0.0/0 通过控制台登录 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群 页面,找到要登录的集群,单击 远程连接。...

使用GROMACS进行分子动力学模拟

通过控制台 在 弹性高性能计算控制台 的左侧导航栏,单击 集群。在 集群 页面,找到目标集群,单击 更多 VNC。使用VNC远程连接可视化服务。具体操作,请参见 连接可视化服务。在VNC窗口中,选择 Application System Tools Terminal。运行/...

E-HPC Portal功能概述

集群管理员 负责部署和管理E-HPC集群,通常使用弹性高性能计算控制台进行操作,包括创建和配置集群、扩容节点、管理集群用户等。作业操作员 负责提交作业到E-HPC集群进行高性能计算,建议使用E-HPC Portal进行操作,包括上传作业文件,提交...

弹性高性能计算

弹性高性能计算E-HPC(Elastic High Performance ...弹性高性能计算将计算能力积聚,用并行计算方式解决更大规模的科学、工程和商业问题,在科研机构、石油勘探、金融市场、气象预报、生物制药、基因测序、图像处理等行业均有广泛的应用。

连接集群

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群 页面,找到目标集群,单击右上角的 远程连接。说明 您也可以在 自定义服务组件 区域的 登录节点 处,单击 SSH,以快速连接登录节点。在弹出...

通过控制台提交作业

作业指提交到E-HPC集群进行高性能计算的基本工作单元,包括Shell脚本、可执行文件等,具体作业执行顺序根据您设置的队列以及调度器决定。E-HPC管理控制台提供了作业相关的提交作业、停止作业、查看作业状态等功能,本文介绍如何使用E-HPC...

【下线公告】批量计算产品下线及迁移说明

非常感谢您对阿里云批量计算产品的支持,为了更好提升产品技术和服务体验,阿里云批量计算原有功能将与阿里云弹性高性能计算合并,通过E-HPC INSTANT 计算服务为用户提供更加简单易用、经济高效的智能批处理服务。阿里云计划于2025年5月15...

队列

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群列表 页面,单击目标 集群名称。在左侧导航栏,选择 节点与队列 队列。单击 创建队列,在 创建队列 页面填写对应参数。配置项说明如下:基本...

创建作业

操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在 集群 页面,找到gromacs-test集群,单击 远程连接。在 远程连接 页面,输入gmx.test的用户名、密码和节点端口,单击 ssh连接。下载并解压算例。说明 本算例为模拟...

通过钉钉机器人发送事件通知

温馨提醒您的账户于${createTime} 在${regionId} 地域在弹性高性能计算集群${clusterName}(${clusterId})上进行节点扩容,操作信息如下:\t可用区ID:${zoneId} \t交换机ID:${vSwitchId} \t镜像ID:${imageId} \t实例类型:${instanceType...

集群概述

集群指运行高性能计算的节点集合,可以提供单节点不能提供的强大计算能力,拥有高性能、弹性扩展、稳定可靠等优点。本文介绍集群涉及的基本概念和功能。节点 E-HPC集群中的每个节点是一台ECS实例。按节点功能分类,可以分为登录节点、管控...

管理共享存储

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,选择 资源管理 共享存储。在页面上方选择目标集群,然后单击 资源管理 页签。在 资源管理 页签下,单击 挂载存储资源。在弹出面板,完成参数配置,然后单击 ...

使用OpenFOAM软件进行流体力学仿真计算

通过控制台 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群 页面,找到目标集群,单击 远程连接。在 远程连接 页面,输入集群用户名、登录密码和端口,单击 ssh连接。步骤二:运行算例 ...

API概览

本产品(弹性高性能计算/2024-07-30)的OpenAPI采用 RPC 签名风格,签名细节参见 签名机制说明。我们已经为开发者封装了常见编程语言的SDK,开发者可通过 下载SDK 直接调用本产品OpenAPI而无需关心技术细节。如果现有SDK不能满足使用需求,...

创建Serverless集群

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,选择 集群。在 集群 页面右上角,将鼠标悬浮在 创建集群 右侧的 图标,单击 模板化创建。在 基本配置 区域,输入集群名称和登录密码。在模板区域上方,单击,...

Alphafold3结合Afusion的蛋白质结构预测实践

登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处,选择地域。在左侧导航栏,单击 集群。在 集群列表 页面,单击 集群模板。在弹出的对话框中,选择 Alphafold3。集群环境软件与硬件默认配置 OS:Ubuntu 22.04 ECS实例:4vcpu 8GB,40GB...

在Serverless集群中提交作业

创建Serverless集群后...在 弹性高性能计算控制台 的 作业 页面,选择目标集群后,单击 作业列表 页签。在该页面可以设置状态、时间段等条件查询作业信息。在 弹性容器实例控制台 的 容器组 页面,可以查看自动创建的用于运行作业的ECI实例。

提交作业

作业是E-HPC集群进行高性能计算的基本工作单元,包括Shell脚本、可执行文件等。本文介绍如何使用E-HPC客户端提交作业。准备工作 提交作业前,您需要准备好作业文件,并上传到E-HPC集群中。E-HPC客户端支持以下两种方式上传作业文件:通过...
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