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ucsc数据库 相关的博客

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-E
徐洲更 6年前 1571

用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？
徐洲更 7年前 963

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 5年前 4101

Bioconductor的数据类型

Introduction to Bioconductor for Sequence Data 在院士组轮转的时候，由于没人安排我去做什么，我也不懂怎么和别人交流，于是那些日子就在翻译Biocondutor的教程中度过。本文为我学习Bioconductor所写
徐洲更 6年前 842

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可
徐洲更 6年前 909

阿里云提供高效基因序列检索功能，助力冠状病毒序列快速分析

1.背景介绍 2019年年底，中国的新兴的商业中心武汉，爆发了一种新型的冠状病毒，在流行的两个多月中，在中国造成了3300多人死亡，8万2千多人感染。随着疫情的进一步蔓延，目前已经横跨了109个国家，造成了80多万人感染，4万多人失去了生命。到目前为止，疫情
Roin123 4年前 697

如何使用MACS进行peak calling

MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能都是可有可无，唯独callpeak不可取代。最简单的用法就是 # 常规的peak calling macs2 ca
徐洲更 6年前 1886

200种最佳机器学习教程汇总【史上最全】

本文包含了迄今为止大家公认的最佳教程内容。它绝不是网上每个ML相关教程的详尽列表，而是经过精挑细选而成的，毕竟网上的东西并不全是好的。我作者汇总的目标是为了补充我即将出版的新书，为它寻找在机器学习和NLP领域中找到的最佳教程。 通过这些最佳教程的汇总，我可以
【方向】 5年前 6377

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