生物大数据 序列 比对

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生物医学大数据：现状与展望

大数据 (big data) 是指由于容量太大和过于复杂，无法在一定时间内用常规软件对其内容进行抓取、管理、存储、检索、共享、传输和分析的数据集。 大数据具有“4V”特征：①数据容量 (Volume) 大，常常在 PB(1 PB=250 B)级以上；②数据种
小旋风柴进 7年前 1622

Science：大数据时代的网络分析，如何挖掘大数据？

我们生活在一个互联实体(entities)构成的复杂世界中。人类涉足的所有领域，从生物学到医学、经济学和气候科学，都充满了大规模数据集。 这些数据集将实体（entities）模拟为节点、节点之间的连接被模拟为边（edges），从不同且互补的角度描述着复杂的真实
玄学酱 6年前 1379

生命之圈：生物数据可视化的美丽新方法

当Martin Krzywinski在加拿大的迈克尔·史密斯基因组中心做系统管理员时，他并没有打算成为21世纪的生物学数据可视化的先驱。事实上，他甚至没有生物学的背景，虽然他已经完成了物理学和数学的研究生课程。但那是上世纪90年代末，他能够操控一台电脑。 K
小旋风柴进 7年前 1325

如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(
徐洲更 5年前 4101

大数据带来的健康革命

大数据能为我们人类带来哪些好处？ 举个直观的例子：我们知道人类的一些疾病与基因组异常有关。例如唐氏综合症、透纳氏症和许多其他疾病，是染色体的不分离现象所造成。同样，癌细胞中的染色体则频繁地出现非整倍性现象等等。 显然，研究基因组，并让每一个人检测并了解自己的
沉默术士 7年前 1168

Bioconductor的数据类型

Introduction to Bioconductor for Sequence Data 在院士组轮转的时候，由于没人安排我去做什么，我也不懂怎么和别人交流，于是那些日子就在翻译Biocondutor的教程中度过。本文为我学习Bioconductor所写
徐洲更 6年前 842

每日文献：2018-01-04

mTM-aligin: an algorithm for fast and accurate multiple protein structure alignment 蛋白结构在进化中更加保守，因此根据多个结构进行比对比仅仅依赖于多重序列联配(MSA)更加有
徐洲更 6年前 744

应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕
徐洲更 5年前 2664

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