用HttpClient做数据采集时的阻塞问题

最近写了个程序采一个网站的信息，第一次。程序涉及到的工具是Java、MySQL、Apache的HttpClient。
HttpClient设置了连接超时、响应超时，都是一分钟。每采集一两个小时偶尔有一些请求在1分钟之内抛出java.net.SocketTimeoutException: Read timed out。这说明设置的超时是有效的。
听说抛出Read time out是因为采集太频繁，对方服务器有保护，所以我写了代码每次抛错就休眠2分钟再继续采集。
1.第一个问题是，程序在白天开始跑，好好的，但从晚上12点左右到第二天早上7、8点（有时是6点），完全没有打印一点日志信息，直到7、8点过后才抛出java.net.SocketTimeoutException:
Read timed out，而且一个每隔15分钟执行缓存清理的线程在这段时间内也没执行过。一头雾水。
2.第二个问题是由第一个问题连带引出来的，在我做过的3次测试里，7、8点过后程序“恢复采集”，但出现已下问题：
有一次曾经出现数据库连接已关闭的情况，但是数据库连接池已经配置好定期检查空闲连接，应该确保返回的连接是有效的啊。用的是BoneCP。
有两次数据库连接还能正常使用，但是对被采集的服务器发起的请求开始比较频繁地出现Read timed out。
反正都是不能恢复正常采集，要重启，我也是醉了。
麻烦各位亲帮我解答一下，问题可能出现在哪里，怎么让我的采集程序可以一口气跑完.