标准流程描述语言 WDL 阿里云最佳实践

松凌 2019-08-30

专项阿里云基因组学行业标签

我们为什么需要标准的工作流描述语言

script-workflow.jpg

在构造生物信息工作流时,如果不使用标准工作流描述语言,我们一般是使用脚本语言来构造:

  • 直接采用shell、R、Python 等编写脚本,封装基因计算软件的命令行
  • 多个脚本组成一个工作流
  • 执行时输入参数执行命令行

这种方式构造的工作流,在使用过程中可能面临下面的挑战:

  • 不同的基因流程可能使用不同的脚本语言、对使用者的计算机技能要求较高
  • 脚本类的工作流的执行,无专业的解析引擎,运行状态无法监控
  • 脚本健壮性要求高,如果错误处理没有做好,可能造成时间和资源的浪费

如果您也遇到了上面的痛点,那么您急需要引入标准的工作流来规范流程。比如 WDL 就是个很好的选择。

WDL

什么是 WDL

WDL 是 Workflow Description Language的缩写,有时也写作 Workflow Definition Languag

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corcosa
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