本文讲的是生命科学研究需求推动云计算发展，【IT168 资讯】生命科学研究数据的快速增长使得业内人士将目光转向云计算应用，云计算尤其对基因研究领域很有帮助。BioTeam公司的首席顾问Chris Dagdigian说，在纳米和微流化学的应用实现了用摄像传感器对细小微粒上DNA的监控。分析数据量达800 gigabytes的TIFF图像数据。“这就引发了大量数据捕捉和控制的问题。我们当前处于这样一个时代，尽管设备位于一个小的潮湿实验室里，但每天可以生成1 terabyte或更多的数据。”
Rosetta Inpharmatics的遗传科学执行主管Eric Schadt也同意上述说法。“下一代基因表达和DNA序列技术是更快地生成大量数据。我们认为微阵列和高密度SNP阵列在生成高维度且我们难以掌握的数据。而下一代技术的数量级将是当前的一到两倍。
Schadt说，数据应该回答关于复杂的疾病系统如何在人体内自我呈现。不只是DNA变异将告诉我们基因如何和某一疾病产生联系。更多的是，我们将看到人们将DNA变异信息与基因表达信息或代谢信息或蛋白质信息整合。研究人员将配置云计算系统，以便获取所有相关数据信息。
尽管Merck公司尚未配置云计算。公司方面在西雅图Rosetta建造了一个计算机中心，这一中心于2001建成，大约有10000个处理器及基于网络的精细结构，这使得Merck公司位于任何地区、上千个项目的研究人员都可以访问存储系统数据。但是这一状况即将改变。
在未来的一周，Merck将安装Rosetta计算机群组，并将那里大部分的数据存入非盈利的生命科学信息分析数据库Sage Bionetwork，这是由Schadt和Stephen Friend(Merck Research Laboratories的高级副总和肿瘤学负责人)构建的。这一药业公司，将开放进入Sage的路径，并将整合其新中心(Excellence for Molecular Profiling & Research Informatics)的研究用计算系统。同时，Sage将与其他公共和私人研究中心进行合作以扩展数据库。据Schadt说，随着Sage的发展，将进一步整合云系统。
随着药业公司开始采用云计算系统，服务供应商构建了分布式计算机设备结构以配合需求的增长。Amazon公司看到了其云存储服务(Amazon EC2，于2006年上市)需求的快速增长。据Amazon网络服务副总Adam Selipsky提供的信息，其服务器文件量在过去的一年中由180亿增长到520亿。
Selipsky说Amazon的云服务可被视为有着灵活和接近无限容量的虚拟数据服务。“这一服务很像公司数据中心的物理设备，只是放置在我们的厂房而不是你们的数据中心里。”而正是因为任一公司可以将软件和个人应用软件添加到基础计算设施，云系统用户通过网络在Amazon的分布式结构中运行其自身的应用软件。据Selipsky说，Amazon公司提供根据用量付费的存储、信息排列以及高性能计算服务。
Selipsky注意到，这一服务引起了生命科学公司的极大兴趣，这些受到预算束缚的公司的数据处理压力正日益增长。数据处理速度也是药业企业研究人员转向云计算的原因。他补充说，Amazon近期将引进Amazon Elastic MapReduce——基于Hadoop的云计算设备，来自Apache软件基金会的网络应用软件，可通过使计算机同时处理上千文件和petabyte的数据量而将处理速度加快。1 petabyte等于1,024 tetabyte或者为约100万gigabyte。
供应商观点
微软公司生命科学业务主管Mike Naimoli说，除了时间和成本的节约，云计算也能实现数据分享，并联系研究组织和其他合作伙伴。公司的用于云计算的Azure Services Platform服务平台已于去年面市。
他说，“这一平台是用于收集数据的、连接和处理数据的。通过Azure上运行的应用软件实现其数据收集功能。微软自身不研发这类应用软件。我们提供可运行用户应用软件的基础框架和结构。任何用户可以在本地或通过网络运行云系统。”
Google公司云计算服务Google App Engine的高级产品经理Rishi Chandra说对数据存储和计算的迫切需求将促使药业研究人员采用云服务。“分布式网络中的云服务运行更有意义，因为你可以控制更多所需资源。”
Chandra说Google使得用户可以将其云系统结构的数据放置在安全防火墙后。数据访问的管理需要一些定制的综合服务、尽管Google和Amazon及微软相似，管理其物理计算机结构的安全性，用户将自行负责数据加密、数据访问管理和其他云系统的安全措施。
这一工作的一部分是由第三方软件供应商例如Cycle Computing(四年前开始为高性能计算系统开发开放源码软件)完成的。Cycle Computing公司的首席执行官Jason Stowe说，公司当前已将用于云计算系统的商业软件和安全管理服务推向市场。
这一公司与Schrödinger(一个计算化学软件公司)有合作关系。Stowe说Cycle正在开发用于下一代基因组序列的应用软件，这一软件可使得研究人员采用云计算来处理和精简实验室的原始数据。
云计算是一个全新的领域
尽管用户和供应商同意这些当前还只是云计算产品和服务应用的早期，他们仍将这一IT服务视为数据存储和处理的新选择，且这一服务还可提供众多其他业务。一些用户将其视为协作环境以及临床试验数据的安全环境。
食品和药物协会的发言人Karen Riley说，云计算是一个全新的领域。她说，“如果云服务成为临床试验数据的存储中心，我们的关注将放在系统的写入安全上，以避免数据篡改。”审计公司(例如Google)没有经验，而试验的投资者仍将承担对数据安全维护的责任。Riley注意到FDA信任用于临床试验数据Email传输的安全外部服务器。
Powers说，我们现在处于分岔口，这令人振奋。当前Lilly公司云计算应用使得写作研究和临床试验管理缺乏的状态改变。他说，云计算所带来的成本节约和研究速度提升使得这一服务对药业企业更有吸引力，因此，云计算服务的潜在市场巨大。
“我们改变了业务处理方式。更多的工作是协作完成。我们要向前发展，基础设施的压力就会增大，我们就需要增加不熟悉的IT基础设施。当前的问题在于，我们是自行建设基础设施还是求诸于云计算服务?”
原文发布时间为：2009-06-22
本文作者：IT168.com
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原文标题：生命科学研究需求推动云计算发展
