E-HPC软件栈 本文列出支持自动部署的软件，您也可以通过自定义镜像的方式自行部署其他需要的软件。软件列表 名称 版本 简介 需要选中的依赖包 ABySS 2.1.5 基于短序列的基因组双端组装工具，多节点并行版本。Intel-MPI 2018 Anaconda 2018....
具有sudo权限的用户如果操作错误（如误删除E-HPC软件栈模块），会导致集群异常。用户组 说明 普通权限组 适用于只有提交、调试作业需求的普通用户。sudo权限组 适用于需要管理集群的管理员。除提交、调试作业外，还可以执行sudo命令进行...
在 E-HPC软件服务（预付费）页面，选择地域、规格和购买时长。单击 立即购买，并按页面提示完成支付。升级服务包 当单个地域下的集群付费核数远高于现有服务包规格时，您可以升级服务包。例如：目前集群总核数为1900核，现有服务包规格为...
使用Intel oneAPI编译运行LAMMPS E-HPC集群集成了Intel oneAPI工具包，该工具包结合HPC软件使用，可以加快构建跨架构应用程序。本教程以LAMMPS软件为例，介绍如何在E-HPC集群下使用Intel oneAPI编译并运行LAMMPS。使用GROMACS进行分子动力...
2022-12-07 无 2022年10月 功能名称 变更类型 功能描述 发布时间 相关文档 创建基于倚天芯片平台的E-HPC集群 新增 新增支持创建基于倚天芯片平台的E-HPC集群，提供完整的HPC软件栈，包括HPC调度器、MPI通信库、HPC应用软件等。该功能目前...
E-HPC集群集成了Intel oneAPI工具包，该工具包结合HPC软件使用，可以加快构建跨架构应用程序。本文以LAMMPS软件为例，为您演示如何在E-HPC集群下使用Intel oneAPI编译并运行LAMMPS。背景信息 Intel oneAPI是一种开放的、标准的统一编程模型...
使用E-HPC集群进行高性能计算时，需要根据业务需求安装相关业务软件。本文介绍如何安装和卸载软件。安装软件 您可以通过控制台直接安装E-HPC提供的常用软件，也可以在集群中手动安装其他软件。通过控制台安装 登录 弹性高性能计算控制台。...
本文介绍如何使用E-HPC集群运行Schrodinger软件来计算分子结构。背景信息 Schrodinger基于物理学的计算平台，集成了用于预测建模、数据分析的差异化解决方案，以实现对化学空间的快速探索，主要应用于药物发现，以及航空航天、能源、半导体...
本文介绍如何使用E-HPC集群运行WRF软件进行气象模拟计算。背景信息 WRF（Weather Research and Forecasting）采用新一代中尺度天气预报模式，是气象行业广泛应用的开源气象模拟软件。它为研究大气过程提供了大量选项，并可以在多种计算平台...
查询 E-HPC 产品支持安装的软件列表。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。调试 授权信息 下表是API对应的授权信息，可以在RAM权限策略语句的 ...
本文介绍如何使用Environment Modules编译成软件中模块对应的环境配置，使其可以在E-HPC环境中直接加载使用。背景信息 在使用E-HPC集群过程中，经常要安装不同的编译器和库文件，如常用的编译器有GCC和ifort，常用的 MPI并行库有OpenMPI、...
本文以GROMACS软件为例介绍如何在E-HPC上进行分子动力学模拟。背景信息 GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款通用软件，用于对具有数百万颗粒子的系统进行基于牛顿运动方程的分子动力学模拟。GROMACS主要用于生物...
基于eRDMA，您既可以将HPC应用软件部署在云上，以获取成本更低、弹性更好的高性能应用集群；也可以将VPC网络替换成eRDMA网络，以加速您其他的应用性能。如何实现eRDMA的能力 eRDMA的能力实现需要基于在支持eRDMA能力的实例规格上，创建挂载...
本文以AutoDock Vina软件为例，介绍如何在E-HPC上进行高性能计算实现虚拟药物筛选。背景信息 分子对接（Molecular docking）是虚拟药物筛选中的关键环节。AutoDock Vina作为一款开源的分子对接软件，具有速度快、算法准确等优点，特别适用...
基于eRDMA，您既可以将HPC应用软件部署在云上，以获取成本更低、弹性更好的高性能应用集群；也可以将VPC网络替换成eRDMA网络，以加速您其他的应用性能。如何实现eRDMA的能力 eRDMA的能力实现需要基于在支持eRDMA能力的实例规格上，创建挂载...
本文介绍如何使用E-HPC集群运行BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序计算。背景信息 生命科学领域内基因测序技术的飞速发展，人类发现的基因序列以指数级增长，对于如此数量庞大的基因进行同源性搜寻、比对、变异检查等，往往伴随着巨大的...
调用UninstallSoftware卸载指定集群中已安装的软件。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。调试 授权信息 当前API暂无授权信息透出。请求参数 ...
调用InstallSoftware为指定集群安装软件。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。调试 授权信息 下表是API对应的授权信息，可以在RAM权限策略语句...
调用ListInstalledSoftware查询指定集群已安装的软件列表。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。调试 授权信息 下表是API对应的授权信息，可以在...
软件 E-HPC提供了业界主流的科学计算应用、编译器运行时库、MPI通信库等软件，您可以根据需求安装使用。更多信息，请参见 软件概述。集群状态 创建中：集群创建初始状态，对应ECS实例创建。安装中：集群处于安装软件状态。初始化中：集群...
接口说明 创建集群会涉及相关资源计费，建议您提前了解 E-HPC 的计费方式。更多信息，请参见 计费方式。调试 您可以在OpenAPI Explorer中直接运行该接口，免去您计算签名的困扰。运行成功后，OpenAPI Explorer可以自动生成SDK代码示例。...
弹性高性能计算E-HPC事件 弹性高性能计算事件类型包括阿里云平台对资源执行的操作事件、API调用和控制台的操作事件。批量计算事件 批量计算事件类型包括Job已取消事件、Instance已经Ready事件和Project创建事件等。弹性伸缩事件 弹性伸缩...
re：表示内存增强型（ram enhanced)hf（c/g/r）：表示高主频型（high frequency）处理器与内存配比为1:2、1:4、1:8，适用于大型多人在线游戏、HPC等高性能科学计算场景，中大型数据库系统等。i：表示本地SSD型（instance family with local...
2023-10-30 全部 云盘概述 实例规格族 发布高性能计算优化型实例规格族hpc8ae。2023-10-30 部分 实例规格族 实例规格族 发布高性能计算优化型实例规格族hpc7ip。2023-10-30 部分 实例规格族 实例规格族 发布高性能计算优化型实例规格族hpc6...
E-HPC通过管控系统为您在ECS实例上预装选定的软件及其依赖的软件包。E-HPC在管控节点上配置作业调度器。以上流程都依赖于E-HPC服务部署。若您使用ECS管理控制台对节点进行操作，则可能会导致集群或部分节点状态异常，或集群相关资源不可...
调度器 调度器是指E-HPC集群上部署的作业调度软件。E-HPC支持多种调度器，但不同的镜像支持的调度器类型有所不同，具体支持情况以控制台为准。域账号服务 选择域账号服务类型后，通过域账号服务管理创建的集群以及集群用户。目前支持 nis ...
ListSoftwares 查询E-HPC产品支持安装的软件列表。ListTagResources 查询标签列表。ListTasks 获取任务列表。ListUpgradeClients 查询可升级的客户端。ListUsers 查询集群中的用户账号列表。ListUsersAsync 异步查询集群中的用户列表。...
软件 API 标题 API概述 ListSoftwares 查询支持安装的软件列表 查询 E-HPC 产品支持安装的软件列表。InstallSoftware 安装软件 调用InstallSoftware为指定集群安装软件。ListInstalledSoftware 查询指定集群已安装的软件列表 调用...
相较于其他HPC集群，阿里云弹性高性能计算E-HPC产品具有灵活部署、弹性资源、数据安全、高可用性、结果可视...E-HPC提供了高性能计算领域的多款软件，并且跟随E-HPC产品一起升级。资源采购和交付周期长，升级、变配困难。需配备专业运维人员。
在无影云桌面运行E-HPC客户端 该方案适用于需要云上作业前后处理需求的场景，对照线下工作站仿真环境，在无影云桌面中安装作业前后处理所需的软件，实现使用E-HPC客户端进行作业相关操作的同时，可以结合相关前后处理软件进行操作，使用上...
本文汇总使用弹性高性能计算E-HPC过程中涉及的基本概念，方便您查询和了解相关概念。使用弹性高性能计算涉及的相关概念如下表所示。概念 说明 集群 集群指运行高性能计算的节点集合，可以提供单节点不能提供的强大计算能力，拥有高性能、...
本文介绍如何使用E-HPC集群运行LAMMPS开源仿真软件，以3d Lennard-Jones melt模型进行工业仿真，并通过可视化的方式查看仿真结果。背景信息 LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款经典分子动力学软件...
步骤二：提交作业 本文介绍如何使用E-HPC集群运行LAMMPS开源仿真软件，以3d Lennard-Jones melt模型进行工业仿真，并通过可视化的方式查看仿真结果。执行以下命令创建算例文件，算例文件命名为lj.in。vim lj.in 作业脚本内容示例如下：#3d ...
调度器 pbs E-HPC集群上部署的作业调度软件。域账号服务 nis 通过域账号服务管理创建的集群以及集群用户。VNC 打开VNC开关 开启VNC开关后，创建集群时系统会自动部署远程可视化服务。您可以直接通过控制台Web方式访问远程图形桌面。单击 下...
MemVerge Memory Machine是一款大内存算例加速软件，它可以将DRAM和PMEM进行虚拟化，实现无需更改代码即可访问新的PMEM内存介质，支持可横向扩展的内存节点集群，以提供实时分析和 AI/ML、HPC应用程序所需的大规模内存容量，以及内存系统的...
使用E-HPC客户端前，集群管理员需要准备好相关环境，包括集群、用户、无影云桌面等配置。配置E-HPC集群 集群管理员需完成以下集群相关配置：创建一个E-HPC集群。具体操作，请参见 使用向导创建集群。说明 对于已有集群，如果没有使用PBS...
This data source provides the Ecs Hpc Clusters of the current Alibaba Cloud user.->NOTE:Available in v1.116.0+.Example Usage Basic Usage data"alicloud_ecs_hpc_clusters""example"{ ids=["hpc-bp1i09xxxxxxxx"]name_regex="tf-...
E-HPC客户端支持作业提交和查询、文件管理等功能，可以方便您日常管理作业。本文介绍如何登录E-HPC客户端。前提条件 集群和集群节点的状态均为 运行中。已创建集群用户。具体操作，请参见 创建用户。使用限制 客户端仅支持连接使用PBS调度...
本文以IMB软件和MPI通信库为例介绍如何测试E-HPC集群的通信性能。背景信息 IMB（Intel MPI Benchmarks）用于评估HPC集群在不同消息粒度下节点间点对点、全局通信的效率。MPI（Message Passing Interface）是支持多编程语言编程的并行计算...
Provides a ECS Hpc Cluster resource.For information about ECS Hpc Cluster and how to use it,see What is Hpc Cluster.->NOTE:Available in v1.116.0+.Example Usage Basic Usage resource"alicloud_ecs_hpc_cluster""example"{ name=...